Operacija brisanje je težja kot operaciji iskanje in vstavljanje.
Najprej element, ki ga želimo zbrisati, poiščemo. Element, ki ga želimo izbrisati se mora nahajati v listu drevesa. Sedaj ločimo dva primera:
- Če se element, ki ga želimo izbrisati, nahaja v vozlišču z dvema ali tremi elementi, ga preprosto zbrišemo in postopek je končan,
- Če pa je element, ki ga želimo izbrisati, edini v vozlišču, pa nastopi ena izmed naslednjih dveh možnosti:
1. Vsaj eden izmed bratov vsebuje najmanj 2 elementa. Najprej element, ki ga želimo zbrisati, zbrišemo in tako dobimo prazno vozlišče. Potem vzamemo ustrezen element iz očeta tega vozlišča in ga vstavimo v prazno vozlišče. Nato pa iz sosednjega brata vzamemo ustrezen element in ga vstavimo v očeta.
2. Noben od bratov nima vsaj dveh elementov. Potem ustrezen element odstranimo. Tako dobimo prazno vozlišče, v katerega pa shranimo utrezni element iz očeta. Potem pa to vozlišče združimo z ustreznim bratom.
V primeru, da se element, ki ga želimo zbrisati ne nahaja v listu drevesa, ga nadomestimo z maksimalnim elementom ustreznega levega poddrevesa.
Po vseh teh zamenjavah elementov in združevanju vozlišč, drevo še vedno ostane iskalno.